L'annata successiva, quella del 2001-02, è una delle più belle ed emozionanti nella storia dello Spezia anche se non si conclude con quella che sarebbe stata una meritata promozione in Serie B. Gli aquilotti infatti rinforzano ulteriormente la rosa con giocatori del calibro di Pisano, Buso e Caverzan e disputano un campionato di vertice che si risolve in un testa a testa con il Livorno. Epiche sono le vittorie, sia in casa che in trasferta, con tutte le squadre rivali storiche degli aquilotti. Tuttavia alla fine sono i toscani a spuntarla per un solo punto di differenza (non mancano le polemiche a distanza per l'esito della partita decisiva Treviso-Livorno) e lo Spezia, sfiancato dal lungo duello a distanza con gli amaranto, è clamorosamente eliminato ai play-off dalla più brillante Triestina. La delusione si ripercuote ancora sui campionati successivi e lo Spezia non riesce a raggiungere i play-off negli anni successivi. Con Mandorlini al Vicenza, anche l'imprenditore Zanoli è lasciato solo dai suoi soci e solamente l'ingresso dell'Inter di Massimo Moratti (rappresentato da Ernesto Paolillo) nella società salva le casse societarie da una possibile bancarotta. Sulla panchina aquilotta si alternano diversi allenatori ma l'unica concreta soddisfazione che arriva in queste stagioni è la conquista, nel 2005, della Coppa Italia Serie C.
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