Al termine della guerra, la situazione dello Spezia è assai difficile. La città ha subito gravissimi danni ed anche la società aquilotta attraversa un serio momento di crisi. In virtù dei campionati disputati in Serie B negli anni precedenti e, soprattutto, dello scudetto appena conquistato, lo Spezia chiede l'ammissione alla nuova Serie A. La richiesta viene rifiutata e la società, sia per protesta sia a causa dei problemi del momento, prende parte al campionato di Prima divisione ligure nel girone A.
L'anno successivo la Federazione, in contraddizione con l'atteggiamento tenuto in precedenza, riammette lo Spezia nella serie cadetta; il campionato 1946-47 si conclude con un brillantissimo terzo posto.
Nel 1947-48 il quarto posto in campionato consente allo Spezia di accedere alla Serie B a girone unico; nel 1948-49 è invece necessario uno spareggio a Milano contro il Parma per riuscire ad ottenere la salvezza. L'anno successivo offre un bel sesto posto in classifica, prima della discesa che comincerà negli anni cinquanta.
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