Nel 1960 continua la crisi in cui si trova il vertice societario già da un anno, vengono ceduti alcuni pezzi pregiati della squadra ma il "Picco" è ancora un terreno difficile da espugnare e lo Spezia riesce a classificarsi settimo nel campionato del 1960-61. L'anno successivo la situazione della società si fa ancora più tragica, mancano addirittura i soldi per l'iscrizione al campionato; la Lega ammette ugualmente lo Spezia al torneo imponendo la nomina di un Commissario per il controllo della contabilità. La squadra viene allestita alla meno peggio ed il campionato 1961-62 si conclude inevitabilmente con la retrocessione in Serie D. Con un pizzico di fortuna in più la salvezza sarebbe stata raggiungibile: l'ultima partita di campionato a Rimini viene sospesa per 30 minuti a causa dell'arrivo nello stadio, in anticipo sulla tabella di marcia, del Giro d'Italia, proprio quando lo Spezia stava per giungere al pareggio e raccogliere il punto indispensabile per raggiungere in classifica il Grosseto.
La Serie D ospita gli aquilotti per ben quattro campionati; nel 1963-64 la promozione sembra a portata di mano, ma a due giornate dal termine la bruciante sconfitta per 4-0 sul terreno della diretta concorrente Massese è fatale allo Spezia, che chiude al terzo posto. Il salto di categoria arriva finalmente nella stagione 1965-66, allorquando il presidente Menicagli allestisce un'ottima squadra per la categoria con giocatori del calibro di Bonvicini, Pederiva, Sonetti, Convalle, Castellazzi e soprattutto Vallongo. La promozione in Serie C arriva grazie alla penalizzazione inflitta al Viareggio, al quale la CAF toglie tre punti per illecito sportivo; lo Spezia è così primo il classifica.
Al ritorno in Serie C gli aquilotti sfiorano per due volte la promozione in Serie B, classificandosi terzi, alle spalle di Perugia e Maceratese, nel 1966-67 e secondi nel 1967-68 dietro al Cesena, che pure era stato sconfitto al "Picco" e sembrava poter essere facilmente recuperato nelle ultime giornate.
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