La stagione 1985-86 la squadra viene affidata all'allenatore spezzino Sergio Carpanesi e arrivano dei giocatori indimenticabili come Borgo, Ferretti, Telesio, Brilli e Pillon. Succede tuttavia un fatto inaspettato: il presidente Pietro Rossetto, viene arrestato e la società scivola in gravi difficoltà finanziarie fino addirittura ad arrivare al fallimento.
Il sodalizio cambia nome da F.B.C. Spezia 1906 ad A.C. Spezia. A questo punto i giocatori, oramai senza stipendio e teoricamente liberi di andare via, danno una grande prova di attaccamento alla maglia, riuscendo addirittura a conseguire un secondo posto che vale la promozione in Serie C1. Epica è l'ultima partita di campionato contro la Pistoiese, giocata tra le mura amiche con il sostegno di oltre 12.000 tifosi. Dopo il ritorno nella categoria superiore lo Spezia riesce a conquistare per due volte la salvezza, tornando a disputare campionati entusiasmanti che infiammano la tifoseria; da ricordare in quegli anni la sfida in Coppa Italia con il Napoli di Diego Armando Maradona.
È nella stagione 1988-89, la squadra di Ceccaroni, Mariano, Spalletti, del bomber Tacchi e del portiere Rollandi, sfiora la Serie B; a poche giornate dalla fine la promozione sembra ormai cosa fatta, ma i risultati delle ultime partite ed una rosa forse un po' troppo ridotta costringono gli aquilotti a giocarsi tutto all'ultima giornata sul campo della Lucchese. La squadra toscana, storica rivale degli aquilotti e guidata da Corrado Orrico, è ormai salva e non ha più nulla da chiedere al campionato ma disputa ugualmente una partita irresistibile e riesce a sconfiggere lo Spezia per 3-1, gettando nello sconforto i cinquemila tifosi che avevano seguito la squadra al Porta Elisa. Il campionato successivo comincia con l'onorevole sconfitta in Coppa Italia contro l'Inter campione d'Italia, ma la squadra non è in grado di ripetere il grande campionato dell'anno precedente.
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