Nella stagione 1980-81, nonostante il bomber Barbuti si confermi ancora capocannoniere con 17 reti all'attivo, arriva la retrocessione in Serie C2 e nel 1982-83 addirittura la retrocessione nel campionato Interregionale, anche se lo Spezia viene ripescato in C2 grazie alla rinuncia del Banco Roma. Nelle due stagioni successive arrivano altre due salvezze assai faticose, talvolta con l'aiuto della differenza reti nella classifica avulsa.
La stagione 1985-86 la squadra viene affidata all'allenatore spezzino Sergio Carpanesi e arrivano dei giocatori indimenticabili come Borgo, Ferretti, Telesio, Brilli e Pillon. Succede tuttavia un fatto inaspettato: il presidente Pietro Rossetto, viene arrestato e la società scivola in gravi difficoltà finanziarie fino addirittura ad arrivare al fallimento.
Il sodalizio cambia nome da F.B.C. Spezia 1906 ad A.C. Spezia. A questo punto i giocatori, oramai senza stipendio e teoricamente liberi di andare via, danno una grande prova di attaccamento alla maglia, riuscendo addirittura a conseguire un secondo posto che vale la promozione in Serie C1. Epica è l'ultima partita di campionato contro la Pistoiese, giocata tra le mura amiche con il sostegno di oltre 12.000 tifosi. Dopo il ritorno nella categoria superiore lo Spezia riesce a conquistare per due volte la salvezza, tornando a disputare campionati entusiasmanti che infiammano la tifoseria; da ricordare in quegli anni la sfida in Coppa Italia con il Napoli di Diego Armando Maradona.
È nella stagione 1988-89, la squadra di Ceccaroni, Mariano, Spalletti, del bomber Tacchi e del portiere Rollandi, sfiora la Serie B; a poche giornate dalla fine la promozione sembra ormai cosa fatta, ma i risultati delle ultime partite ed una rosa forse un po' troppo ridotta costringono gli aquilotti a giocarsi tutto all'ultima giornata sul campo della Lucchese. La squadra toscana, storica rivale degli aquilotti e guidata da Corrado Orrico, è ormai salva e non ha più nulla da chiedere al campionato ma disputa ugualmente una partita irresistibile e riesce a sconfiggere lo Spezia per 3-1, gettando nello sconforto i cinquemila tifosi che avevano seguito la squadra al Porta Elisa. Il campionato successivo comincia con l'onorevole sconfitta in Coppa Italia contro l'Inter campione d'Italia, ma la squadra non è in grado di ripetere il grande campionato dell'anno precedente.
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